Med nederlaget til den urene kongen har Exwires returnert til sine rutinemessige liv på True Cross Academy - men rutinen varer ikke lenge! Halvveis rundt om i verden er et merkelig møte i ørkenen varselet om onde ting som kommer. En oppgang i overnaturlige hendelser ved akademiet involverer Rin og vennene hans, men deres tilsynelatende enkle oppgaver er i ferd med å trekke dem inn i en langt større konspirasjon. Mektige krefter har begynt å våkne og en gammel fiende forbereder seg på en ny konflikt.