Etter å ha taklet demonene fra Shuras fortid, vender Shura, Rin og Yukio tilbake til True Cross Academy. Mens Yukio kommer seg etter sårene, kommer Rin og vennene hans tilbake til livene sine. Men problemer brygger på når Illuminati fortsetter å fremme planene sine. Lyn starter en undersøkelse av Illuminati, med hensikt å komme til bunns i ting. Med Suguro på slep, dykker han ned i arkivene dypt under True Cross Academy, hvor han kan avdekke hemmeligheter som ble gravlagt der av en grunn ...