I slutten av Edo-perioden drepte en demon kjent som den urene kongen tusenvis av mennesker. Etter å ha beseiret demonen, holdt Knights of the True Cross sitt venstre øye trygt forseglet på akademiområdet – men nå har noen stjålet det! Yukio og Rin hører at tyven har tatt et barn som gisler, og hjelper til. Etterforskningen og forfølgelsen vil føre Rin og vennene hans til Kyoto og involvere dem enda dypere i et skummelt komplott! Men vil vennenes kunnskap om at Rin er Satans sønn drive en kile mellom dem?