Kafka vil rydde opp i kaiju, men ikke bokstavelig talt! Vil en plutselig metamorfose stå i veien for drømmen hans?
Med de høyeste kaiju-fremvekstratene i verden er Japan ikke fremmed for å angripe av dødelige monstre. Gå inn i Japan Defense Force, en militær organisasjon som har til oppgave å nøytralisere kaiju. Kafka Hibino, en kaiju-likopprydningsmann, har alltid drømt om å bli med i styrken. Men når han får en ny sjanse til å nå barndomsdrømmen, gjennomgår han en uventet forvandling. Hvordan kan han kjempe mot kaiju nå som han har blitt det selv?!
Kafka håper en dag å holde pakten med barndomsvenninnen Mina om å bli med i Japans forsvarsstyrke og kjempe ved hennes side. Men mens hun er ute og nøytraliserer kaiju som kaptein i tredje divisjon, sitter Kafka fast i å rydde opp i kjølvannet av kampene hennes. Når en plutselig regelendring gjør Kafka kvalifisert for forsvarsstyrken, bestemmer han seg for å prøve ut for troppen en gang til. Det er bare ett problem – han har laget Forsvarets nøytraliseringsliste under kodenavnet Kaiju nr. 8.