Naruto er en ninja-i-trening hvis ville krumspring underholder lagkameratene hans. Men han er helt seriøs med én ting: å bli verdens største ninja! På Turtle Island forbereder Naruto og de allierte Shinobi-styrkene seg til å angripe Kabuto og Madara. Men de blir møtt av Kabutos horder av reanimerte ninjasoldater, og i kampens hete innser Naruto og hans allierte venner at de kommer ansikt til ansikt med gamle venner som er hentet tilbake fra de døde!